VSCode で editorGutter.modifiedBackground を設定しても反映されない

この設定は "workbench.colorCustomizations" の中に書いてください。つまり、settings.json の

{
    (なんとかかんとか)
}

に対して

{
    "workbench.colorCustomizations": {
        "editorGutter.modifiedBackground": "#c07020"
    }

    (なんとかかんとか)
}

このように指定してください。

この設定は git などでファイルのバージョン管理をしている際に、変更された行を示すために行番号の横につく色を管理しています。以下のスクリーンショットで行番号の右側に表示されている色付きの棒をご覧ください。この青色の部分が "editorGutter.modifiedBackground" で指定できる部分です。

他の部分の色についてはドキュメントをご覧ください: https://code.visualstudio.com/api/references/theme-color