Есть ли библиотеки для древовидной структуры данных в Java?

Поработайте с Json togda пример отсюда

{
     "firstName": "John", "lastName": "Smith", "age": 25,
     "address" : {
         "streetAddress": "21 2nd Street",
         "city": "New York",
         "state": "NY",
         "postalCode": "10021"
     },
     "phoneNumber": [
         { "type": "home", "number": "212 555-1234" },
         { "type": "fax", "number": "646 555-4567" }
     ]
 }

JsonObject value = Json.createObjectBuilder()
     .add("firstName", "John")
     .add("lastName", "Smith")
     .add("age", 25)
     .add("address", Json.createObjectBuilder()
         .add("streetAddress", "21 2nd Street")
         .add("city", "New York")
         .add("state", "NY")
         .add("postalCode", "10021"))
     .add("phoneNumber", Json.createArrayBuilder()
         .add(Json.createObjectBuilder()
             .add("type", "home")
             .add("number", "212 555-1234"))
         .add(Json.createObjectBuilder()
             .add("type", "fax")
             .add("number", "646 555-4567")))

реализации Json в Java много можете посмотреть. Но смысл тот же