Em C, declarar variáveis no meio de um bloco de código podem levar o programa à um comportamento indefinido?

Esses livros são antigos ou muito ruins. Tem muito material que repete receitas de bolo sem entender o porquê daquilo, e acabam falando besteira.

Declarar variáveis mais perto de onde são usadas é o melhor que se pode fazer.

No passado os compiladores não permitiam fazer isso, complicava a vida deles. Alguns ainda não permitem, mas corra deles.

Também se costumava fazer funções muito grandes o que poderia se perder no que estava fazendo, mas este argumento ainda é frágil.

A solução do seu problema foi coincidente. Talvez porque as variáveis estavam declaradas nos lugares errados. Ou está usando um compilador absurdamente ruim, mas duvido que exista uma atrocidade dessas. Soluções por coincidência não são boas. Se a solução foi tirar as variáveis da função, aí causou mais problema ainda, o fato de não vê-los não significa que não esteja lá.

Não é que haverá comportamento indefinido, é que se declarar onde não deve pode mudar o algoritmo.

Não podemos ajudar muito porque nem sabemos do que se trata. Uma função que não faz nada e causa efeitos colaterais é só olhar para o problema errado, é impossível acontecer isto.

O que é comportamento indefinido, não especificado e definido pela implementação?