Filtrar sólo si el campo no está vacío c#

Si te entendí bien, este código te va a ser de utilidad:

var Roles = Ss.ListarSucursales()
            .Where(x =>
                (x.NombreSucursal.ToLower().Contains(searchColum.ToLower()) ||
                (x.Ciudad.Nombre.ToLower().Contains(searchColum.ToLower()) ||
                (x.Colonia.ToLower().Contains(searchColum.ToLower()))
            .ToList();

Lectura recomendada:

https://docs.microsoft.com/en-us/dotnet/api/system.linq.enumerable.contains?view=netcore-3.1

Prueba usando el operador ??, de la siguiente forma:

la parte

x.NombreSucursal.IndexOf(searchColum, StringComparison.OrdinalIgnoreCase)

quede

(x.NombreSucursal??"").IndexOf(searchColum, StringComparison.OrdinalIgnoreCase)

lo anterior para cada una de las instrucciones que tienes como corresponda.

Lo que hace el operador ?? es que si lo que esta a su izquierda es NULL retorna el valor que pones a su derecha; tal que si x.NombreSucursal en cada interacción que sea NULL devolverá cadena vacía y en los casos que no devolverá el valor de x.NombreSucursal.

Este operador puede ser usado con cualquier tipo de dato; desde luego poniendo a su derecha un mismo tipo de dato al de su derecha, pues la derecha sería el valor por default; es decir si x.NombreSucursal fuese un entero sería x.NombreSucursal??0 o si fuese un objeto x.NombreSucursal??(new ElObjeto()).

Gracias