poner un borde a todos las regiones de un mapa d3.js

Esta respuesta te ofrece dos alternativas (aunque lejos de ser ideales). Espero que te sirva mientras encuentras algún método mejor.

El problema que te encuentras ahora es parecido al de la pregunta anterior, pero lo suficiente diferente para que no se pueda resolver de la misma manera. En aquella pregunta sólo dibujabas un elemento de un sólo color, pero ahora tienes dos elementos (municipios y departamentos) y cada uno tiene un color diferente. La parte negra son los municipios que se pintan sin borde, y la parte roja es sólo la separación entre departamentos.

Alternativa 1:

Podrías intentar solucionarlo igual que la otra pregunta, el problema es que el borde "general" será del mismo color que que le asignes a los municipios en lugar de a los departamentos, lo que puede quedar un poco raro. Puedes ver esta solución en este JSFiddle.

La idea es simplemente agregarle un borde a los municipios cuando se crean:

.style("stroke", "green")
.style("stroke-width", "1px")

Alternativamente, podrías ahorrarte mucho código innecesario poniéndolo en CSS de esta manera (puedes verlo funcionando en este JSFiddle):

.mpio {
  stroke:green;
  stroke-width:1px;
}

Alternativa 2:

Esta alternativa implica duplicar todo el código que pinta los municipios, y añadirle un borde más grueso que el que le pongas después a los municipios, pero del mismo color que los departamentos. De este modo, el borde exterior se verá.

Lo malo de esta alternativa es que se duplica mucho código y dista mucho de ser ideal por ello. Puedes verla funcionar en este JSFiddle. La idea sería añadir este código antes de los departamentos:

 var dept2 = g.selectAll(".mpio")
    .data(topojson.feature(co, co.objects.mpios).features)
    .enter().append("path")
    .attr("d", path)
    .style("fill", "none")
    .style("stroke", "red")
    .style("stroke-width","2px");

Otra cosa mala: ahora la separación entre municipios se ve de un color rojo un poco más oscuro que el de los departamentos y puede no gustarte. Podrías solucionarlo añadiéndoles un borde a los municipios (como puedes ver en este JSFiddle).